Représentation, simulation et inférence de modèles multivalués asynchrones pour les réseaux de régulation génétique à l'aide de la Programmation Logique avec Contraintes

Laurent Trilling

Laboratoire LSR, Équipe PLIAGE - Université Joseph Fourier, Grenoble

Le 20 décembre 2006 à 15 h 30


On présentera les réseaux de Thomas qui sont une approximation discrète (basée sur des seuils) des équations différentielles linéaires par morceaux et une extension admettant des états dits "singuliers" (tels qu'une de leur composante soit précisément un seuil). On montrera ensuite comment ils peuvent être mis en oeuvre sous la forme de contraintes et qu'une telle représentation peut permettre à la fois de procéder à des simulations (si le réseau est complètement déterminé) ou au contraire d'inférer les paramètres du réseau à partir de comportements, avec tous les intermédiaires envisageables. On appliquera cette approche sur des réseaux classiques tels que le contrôle de l'immunité chez le phage lambda.
On évoquera aussi une étude poursuivie par Nicolas Thierry-Mieg, qui fait partie de notre groupe, sur le thème: "Constitution de 'mélanges intéressants' (smart pooling) pour le criblage haut débit". Il s'agit d'une part de minimiser le nombre de mélanges à cribler, d'autre part de construire un ensemble de mélanges robuste et propre à la correction d'erreurs.
(Collaboration avec Fabien Corblin et Eric Fanchon)


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